Celem audytu jest zbadanie skuteczności funkcjonowania i zgodności systemów zarządzania i kontroli w jednostkach realizujących Program Operacyjny Kapitał Ludzki z wymogami art. 58-62 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylającego rozporządzenie (WE) 1260/1999. Szczególną uwagą audytu objęte zostaną m.in. pisemne procedury w jednostkach uczestniczących w systemie zarządzania i kontroli. Pozytywna opinia z audytu zgodności jest warunkiem przekazania przez Komisję Europejską pierwszej płatności okresowej dla Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki. Audyt zgodności jest przeprowadzany jednorazowo – na początku okresu programowania. Audytem objęte zostaną Instytucja Zarządzająca, instytucje pośredniczące i pośredniczące II stopnia oraz Instytucja Certyfikująca zaangażowane w realizację Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki 2007 – 2013. Instytucją odpowiedzialną za przeprowadzenie audytu zgodności jest Instytucja Audytowa – Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej.